曼德拉的失败和灰烬石粉碎一年后，马尔托人继续寻找碎片。当一个霸天虎用一片破碎的碎片创造了一个新的敌人时，马尔托人意识到威特威奇的生活即将陷入混乱。

　　军方和汽车人的秘密合作计划面临被取消的危险，而重新复活的威震天和红蜘蛛引领霸天虎军队，密谋夺取能量源，企图在地球掀起又一场腥风血雨。                                    
                               　　此时主人公萨姆（希安·拉博夫 Shia LaBeouf 饰）告别相恋的女友米凯拉（梅根·福克斯 Megan Fox 饰），要开始自己梦寐以求的大学生活了，但一切似乎都不那么顺利，一块小小的魔方碎片似乎在给予萨姆某种启示。为了获取魔方里的信息，霸天虎开始了对萨姆的追击，擎天柱为了保护萨姆而牺牲，萨姆受其感召，决定重新担负起自己的使命。                                    
                               　　萨姆在自己室友里奥（雷蒙·罗德里格斯 Ramon Rodriguez 饰）和“机器战士”西蒙斯（约翰·托尔托罗  John Turturro 饰）的帮助下，与女友米凯拉根据魔方碎片给萨姆的提示来到了埃及，他们在金字塔里发现了能量源。而此时，霸天虎的军队也赶到了埃及。军方此时有一小队人马也在西荤斯的要求下带着擎天柱的尸体来到了埃及，善恶双方力量在那片金色的沙漠展开了殊死搏斗。

　　当年那场惨烈的芝加哥大战，汽车人虽然成功击退了霸天虎的入侵，却也让地球人对他们失去了应有的信任与尊重。由美国中情局组建的“墓风”部队对所有的变形金刚进行无差别的猎杀，一时间汽车人和霸天虎全都在地球不见了踪影。某天，居住在得州的落魄机械发明家凯德·伊格（马克·沃尔伯格 Marky Mark 饰）买回来一辆破旧的卡车车头，谁知那竟是处在休眠中的汽车人首领擎天柱。嗅到气息的墓风部队蜂拥而至，苏醒后的擎天柱救走了凯德一家，也和散落在各个角落的汽车人相继取得联系。另一方面，疯狂的人类科学家从变形金刚的残骸中获知了他们变形的秘密，并企图借此制造出人造金刚，而脱胎自威震天的惊破天正是他们的得意作品以及催命死神。                                    
                               　　新一轮的危机卷土而来，地球面临更大的灾难……

　　距今50多年前，一艘来自赛博坦的飞船坠落月球，由此引发了美苏两国的太空竞赛。人类争相登上月球，只为一探飞船残骸中的秘密。时间回到21世纪初，经过几番征战，汽车人终于挫败霸天虎的入侵，继而与人类合作，共同保卫美丽的地球。然而发生在切尔诺贝利的事件却将尘封已久的月球计划重新摆到桌面。为了防止霸天虎找到能量柱为非作歹，擎天柱与战友飞赴月球，更从当年的飞船中救出了汽车人的先代领导者——御天敌。御天敌是能量柱的发明者，将上百根能量柱集合在一起便可制造太空桥，实现物质的瞬间传送。                                    
                               　　忙着找工作以及和女友卡莉（罗茜·汉丁顿-惠特莉Rosie Huntington-Whiteley 饰）经营爱情的山姆（希亚·拉博夫 Shia LaBeouf 饰）无可避免地卷入其中，他渐渐发现霸天虎的操纵一切的阴谋，却不知更大的阴谋和危机隐藏在那月影背后……

　　2005年，经过多年的正邪之争，汽车人终于将霸天虎赶出地球。然而威震天却率领部众入侵了汽车人的总部塞伯坦行星，擎天柱留下通天晓等战士驻守地球，自己则带人马于塞伯坦旁边的两颗卫星建立秘密基地，计划对霸天虎施以致命一击。但是计划被霸天虎侦得，威震天率先对行星和地球的汽车人发起攻击。战斗中擎天柱不幸牺牲，威震天也伤势严重。                                    
                               　　弥留之际，擎天柱将领导模块传给通天晓。而邪恶的宇宙大帝为了摧毁阻碍自己的领导模块，拯救了被红蜘蛛背叛和抛弃的威震天，将其改造为更为强大的惊破天。汽车人和霸天虎新一代领导人相继浮出水面，正邪大战不断升级……

　　“霸天虎”的先遣部队旋风和毒蝎袭击了美军位于卡塔尔的军事基地，与此同时，路障帮助他的搭档迷乱潜入了美国总统的座机空中一号，通过电脑获悉，要想找到威震天就必须找到维特维奇家族的那副眼镜，上面有威震天关于能量块的信息扫描，而它现在的拥有者萨姆·维特维奇（希安·拉博夫饰）成为了“霸天虎”攻击的目标。                                    
                               　　萨姆是名高中生，学校里没有人相信他讲述的关于这副眼镜的历史，失望之余，萨姆把眼镜放到网上拍卖，然而从未引起买家的兴趣。这时父亲送了一辆破车给他，这辆车恰好就是“汽车人”大黄蜂的变形。大黄蜂帮助萨姆交上了漂亮的女朋友（梅甘·福克斯饰），但很快就遭遇了“霸天虎”的袭击，擎天柱带着其他“汽车人”赶到，一场机器人大战由此拉开了序幕。

　　故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。                                    
                               　　值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen jijidy.com 和 Frank Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！

　　《变形金刚之雷霆舰队》迷你金刚，一种神奇的小型机器人。他们具有一种奇妙的能力，当变形金刚与迷你金刚合体之后，可以极大地提升战斗力。汽车人和霸天虎两方为此展开争夺，战争愈演愈烈，而变形金刚最大的威胁——宇宙大帝，也正向塞博特恩逼近。                                    
                               　　                                    
                               　　变形金刚雷霆舰队为2003年美国作品, 2005年最新中文DVD出品，舰队描述的是平行宇宙所发生的战争，除了有两派之外，还有一个神秘迷你金刚派别，对战争起着重要的作用。日本版本名字为[微型传说 MICRON LEGEND]。故事发生在2010年，三个孩子无意中打开变形金刚星球中的能源枢纽，释放出一种名为迷你战士的新式变形金刚，他释放出强大的力量，掌控汽车人与霸天虎之间的力量均衡……                                    
                               　　《变形金刚—雷霆舰队》是继《变成金刚》I、II之后，美国斥资数亿美元采用最先进技术打造的新版《变形金刚》，它汲取原创系列中最优秀的元素，通过丰富的人物升华、较强的幽默感、现代感的音乐、动感的节奏和极富吸引力的故事情节，向21世纪的新新人类诠释一部经典的《变形金刚》。

　　《变形金刚之雷霆舰队》迷你金刚，一种神奇的小型机器人。他们具有一种奇妙的能力，当变形金刚与迷你金刚合体之后，可以极大地提升战斗力。汽车人和霸天虎两方为此展开争夺，战争愈演愈烈，而变形金刚最大的威胁——宇宙大帝，也正向塞博特恩逼近。                                    
                               　　                                    
                               　　变形金刚雷霆舰队为2003年美国作品, 2005年最新中文DVD出品，舰队描述的是平行宇宙所发生的战争，除了有两派之外，还有一个神秘迷你金刚派别，对战争起着重要的作用。日本版本名字为[微型传说 MICRON LEGEND]。故事发生在2010年，三个孩子无意中打开变形金刚星球中的能源枢纽，释放出一种名为迷你战士的新式变形金刚，他释放出强大的力量，掌控汽车人与霸天虎之间的力量均衡……                                    
                               　　《变形金刚—雷霆舰队》是继《变成金刚》I、II之后，美国斥资数亿美元采用最先进技术打造的新版《变形金刚》，它汲取原创系列中最优秀的元素，通过丰富的人物升华、较强的幽默感、现代感的音乐、动感的节奏和极富吸引力的故事情节，向21世纪的新新人类诠释一部经典的《变形金刚》。

　　After the end of civil war between the Autobots and the Decepticons, the Malto family relocates from Philadelphia to the small town of Witwicky, Pennsylvania. There, young Robby and Mo Malto witness the birth of a new breed of Transformers called Terrans, who form a bond with the two. Now adopted into the family, the Terrans work with the children to protect their new life and find their place in the world.

　　故事发生在变形金刚的母星塞伯坦，聚焦变形金刚的青年时代，讲述汽车人领袖擎天柱（克里斯·海姆斯沃斯 Chris Hemsworth 配音）与霸天虎领袖威震天（布莱恩·泰里·亨利 Brian Tyree Henry 配音）从手足走向反目的故事，打响旷日持久的塞伯坦之战。

　　汽车人和霸天虎连年不断的战争，给地球带来了莫大的伤害。为此，地球各国联合成立反应部队，针对变形金刚无论正邪一律绞杀。与擎天柱交往甚密的地球人凯德•伊格尔（马克·沃尔伯格 Mark Wahlberg 饰）不顾身边人的反对和政府的压力，以一己之力为大黄蜂、钢锁等汽车人提供庇护场所，期间他无意得到一枚徽章，从而将危机引向自身。失踪的擎天柱飘回赛博坦，被变形金刚的创造者昆塔沙捕获并黑化，命令他返回地球寻找至高无上的权杖，毁灭地球，复兴赛博坦。与此同时，威震天和地球政府达成协议，彼此联合追寻凯德及其盟友的踪迹，其目标同样是曾属于魔法师梅林的权杖。                                    
                               　　地球真正的危机终于降临了……